Årsmöte
Ersta diakoni är en ideell förening vars högsta beslutande organ är årsmötet. Vid årsmötet har varje betalande medlem en röst. Årsmötet fastställer arvode till styrelseledamöter och revisorer samt väljer styrelse och revisorer.
Valberedning
En valberedning föreslår styrelsesammansättning samt arvode för styrelsen och revisorerna.
Styrelsen
Styrelseledamöterna väljs på årsmötet för en mandatperiod om fyra år enligt ett roterande system. Ersta diakonis stadgar innehåller inga restriktioner angående styrelseledamöternas valbarhet. Enligt stadgarna ska styrelsen bestå av lägst åtta och högst tolv ledamöter.